本文三部分，先确认交流，然后说一下为什么
智人和尼安德特人之间必然产生了基因交流
（当尼人遇到人类）
————现代人体内的确含有其他古人类 DNA————
今天人类体内大概都存在 2%左右的尼安德特组分，没有基因交流，是不可能的。
（尼安德特人复原）
今年年初，nature 有一篇关于人类起源的综述，写的很好
All non-African individuals studied so far contain around 2% Neanderthal ancestry
不仅如此，文章还认为，最初智人体内含有的尼安德特人成分可能高达 10%
the proportion of Neanderthal DNA in humans might originally have been as high as 10%
事实上，不仅是尼安德特人，还有丹尼索瓦人也一样有贡献，比如美拉尼西亚人有 3-6%
Similar to Neanderthals, Denisovans interbred with anatomically modern humans. About 3–6% of the genome of some groups of people, including Melanesians in Oceania, can be traced to a Denisovan-like ancestor。
（丹尼索瓦人示意图）
———其实分开已经很久了———
但是这些古人类，的确和我们有点远了。
上图比较形象的描述了这几种人类的分开时间。
我用红色框标注的是古人类 尼安德特人，丹尼索瓦人，以及未知的人族成分。他们和我们分开的时间在 40 万年以上（图中甚至是 60 万）
所以，这就尴尬了。
智人（ Homo Sapiens ）和尼安德特人（ Homo neanderthalensis ）到底是什么关系呢？
尽管我们对尼人做了不少研究，比如测了基因组，建立数据库等
然而，目前还是有多种看法。
有人认为二者是亚种关系，就像秦岭大熊猫和四川大熊猫一样，比如严博就是持有这种观点。
而相当一部分人还是坚持认为尼安德特人就是一个物种，而非亚种
Neanderthals and modern humans belong to the same genus (Homo) and inhabited the same geographic areas in Asia for 30,000–50,000 years; genetic evidence indicate while they may have interbred with non-African modern humans, they are separate branches of the human family tree (separate species)
（简译，尼人和现代人属于人属，基因证据表明他们是独立物种）
——————生殖隔离是否是亚种的唯一标准——————
定义亚种的时候，有生殖隔离这一项。然而生殖隔离并不等于不能生。
若隔离发生在受精以前，就称为受精前的生殖隔离，其中包括地理隔离、生态隔离、季节隔离、生理隔离、形态隔离和行为隔离等；若隔离发生在受精以后，就称为受精后的生殖隔离，其中包括杂种不活、杂种不育和杂种衰败等。
很多亚种的隔离只是地理隔离，一旦他们聚到一起，能啪也能生。
这时候，问题来了，生殖隔离是否是亚种唯一的标准？甚至，是否存在中间物种？
事实上，自然界中，的确这么神奇，所以生物专治各种不服。
有一个内容，叫做中间形态（intermediate form） ，从这个名字大家就应该能看出，这意味着这是一个过渡的状态。
自然界中，物种的产生式逐步发生的，那么，可能就是存在一种，即将成为新物种，但是还没有形成的物种。
2014 年 nature review genetics 上的一篇综述 Seehausen-Genomics and the origin of species
文章就阐述了这种中间形态的存在。
ab 两图是两种建立生殖隔离的机制。在同一张图里，左侧是尚未分化的群体，右侧是彻底分化完成的群体，而中间那个就是过渡状态。 同一幅图中，左边是尚未开始分化的群体，右边是分化完成的两个物种，中间是物种形成的具体过程。 图下面的拉丁文部分是一些物种名字
换句话，生物中，真真实实的存在这种过渡形态。
最为典型的就是环形种 （ring species） 的存在Ring species - Wikipedia
所谓的环形种（ring species）：凡是地域相邻的两个群体之间都可以杂交，而不相邻的则不能杂交，而且有一对称为“终点”的不能杂交的这么一系列群体 / 物种。
比如鸥鸟就是这种
下图是 7 种鸥鸟，1 和 2 可啪，2 和 3 可啪，但是 1 和 3 就不行了，1 和 4 更不行等等。结果到了 1 和 7，连他妈都不认识了……
（The Larus gulls interbreed in a ring around the arctic. 1: L. fuscus, 2: Siberian population of Larus fuscus, 3: L. heuglini, 4: L. vegae birulai, 5: L. vegae, 6: L. smithsonianus, 7: L. argentatus.）
—————结论—————
从上面论述，我们可看出
1，现代智人和尼安德特人其实分开了很久（几十万年以上），分别分布于非洲大陆和欧亚大陆，如下图所示，这是真真实实的生殖隔离中的地理隔离
2，基因层面上，二者的差异到separate species
3，尼安德特本身又可以和现代人产生基因交流
所以，我认为智人和尼安德特人之间的关系应该是这样子：【高于亚种，低于种】，可能就是一种介于亚种和物种之间的过渡形态。
ps：物种用生殖隔离来定义，虽然简单粗暴，但是往往实施困难，而且存在很多问题，随着遗传学发展，必然会出现新的分类法。
附上部分参考文献
中间形态的综述
Seehausen O, Butlin R K, Keller I, et al. Genomics and the origin of species[J]. Nature Reviews Genetics, 2014, 15(3): 176-192.
今年的人类学综述
Nielsen R, Akey J M, Jakobsson M, et al. Tracing the peopling of the world through genomics[J]. Nature, 2017, 541(7637): 302-310.
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