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病毒在传播和复制过程中能劫持宿主细胞的几乎每一项功能，比食物、气温等条件更大程度地推动细胞机制方面的演化。病毒促进种群和物种的分化，淘汰对病毒的抵抗效果较差的宿主种群或食物·捕食者，内源性逆转录病毒插入基因组后通过基因表达和发育上的改变来直接影响演化。

病毒对生物演化的最基本作用便是通过感染造成死亡或全残，形成选择压，迫使宿主适应或消亡。2016 年，一项研究^[1]认为病毒是人类演化的主要驱动力：

• 自“人猿相揖别”以来，人体合成的蛋白质在结构和组成上的变化有 30%由病毒导致，与病毒相互作用的蛋白质发生适应的速度是其它蛋白质的三倍。
• “近亲物种产生不同机制来执行 DNA 复制、膜细胞器生成等相同细胞功能”的现象，就可以用病毒带来的选择压去解释。

由此，病毒可能大量地参与将一个物种分离为多个物种的过程，种化。

一些逆转录病毒可以感染精细胞或卵细胞，让动物后代的每个细胞都含有病毒基因组，并进一步将病毒基因组传递下去，产生内源性逆转录病毒。人类和人类在历史上的各个祖先物种的大量性状是内源性逆转录病毒基因在长期的随机突变里搞出来的。最近几十年里，逆转录病毒还在绵羊、考拉等物种身上正在进行时地展开这些操作，给了人们更多的观察机会。

在你的基因组里，有一千多个古代逆转录病毒打进来的基因片段，占了约 29 亿碱基对中的 8%，其中一些在发挥重要的生理功能，另一些还能制造具有感染力的病毒；而你自己编码蛋白质的基因占了 1.5%，算上调控序列和功能已知的 RNA 基因也只有 3%；以基因组稳定性计算，人基因序列中的 80%不应有直接功能。这些可辨认的病毒片段可能是 30~40 次感染带来的，而“某病毒感染全人类或全体人类的遥远祖先”的事情在历史上可能反复发生了成百上千次。

• 人的记忆力可能关系到病毒片段，现在 Arc 基因的行为仍然很像病毒^[2]。
• 内源性逆转录病毒编码的 BANCR 可能通过增大心脏塑造了人类的体型。
• 人内源性逆转录病毒在胚胎含有 1~2 个细胞时最为活跃，调控人类胚胎的发育。随着发育进行，病毒基因的活性逐渐下降，但仍在一部分细胞里表达。检测病毒基因活性可以判定胚胎发育阶段^[3]。
• 人内源性逆转录病毒 HERV-K 从人类胚胎含有个位数细胞的阶段开始表达，指导产生病毒蛋白和激活胎儿发育的关键基因，这些病毒蛋白可以干扰外源病毒进入胚胎细胞的过程。该病毒进入人类基因组的历史可能只有 20 万年^[4]。
• 人内源性逆转录病毒 HERV-H 指导产生的 RNA 负责开关早期胚胎的一些基因。研究发现^[5]13 个 HERV-H 开关帮助保持早期胚胎细胞的多能性，阻断这些病毒基因的活动会造成胚胎停止发育。进一步实验发现，这些 RNA 能将成人细胞逆转为多能干细胞。
• 合胞蛋白由胎盘中直接接触子宫的一部分细胞产生，引导胎盘结合母体组织。合胞蛋白与逆转录病毒包膜蛋白 env^[6]几乎一样。在人类基因组中，指导产生合胞蛋白的基因看起来就是内源性逆转录病毒基因，旁边还有两个目前看来无功能的病毒基因（gag 和 pol）^[7]。哺乳动物合胞蛋白基因有许多种，可能来自不同的病毒^[8]，其它许多病毒基因也有差异^[9]。
• 根据 2015~2016 年的遗传学研究，约 6500 万年前作为我们祖先的早期哺乳动物没有胎盘，该构造可能整个都是内源性逆转录病毒搞出来的。另一些研究显示，胎盘相关的事件或许有 1.5 亿~2 亿年历史。
• 多种内源性逆转录病毒参与了免疫系统的开关。

病毒从冥古宙以来便在不同物种间传递信息、是水平基因转移的重要来源，增加了所有物种的基因多样性，自然也涉及人类和人类在历史上的所有祖先物种的演化。早在地球生物的最后共同祖先演化为古菌、细菌、真核生物之前，病毒便在早期演化中发挥核心作用。现在，病毒仍然是地球上规模最大的未被探明的遗传多样性储存库。

致死的噬菌体在全世界·全历史上大量击杀细菌等微小生物，非致死的温和噬菌体一直在细菌等生物间传递基因片段、改变它们的性状，由此干涉人和人类祖先的消化道菌群和体表菌群，间接影响营养状况、疾病和行为。

比这再高一个层次，你可以理解，人类演化过程中互动的所有细胞生物都是病毒参与塑造的，你的食物，能伤害你的各种生物，各种来源于生物的工具·药物·日用品等，用来对付生物的武器·药物·防护用品等，各种仿生学制品和人体工学产品，都有病毒投下的影子。

最近几百年里，人类掌握了巨大的力量，对其它生物造成日益增长的影响。我们的猎杀行为·环境破坏行为·排污等造成了多个物种的濒危、灭绝和适应。我们的身体有一部分是病毒，表现出病毒的行为也是理所当然的。

让你去做这个过程里的病毒宿主，事情就变得痛苦了。病毒带来的“推动”往往表现为破坏、侵占、折磨、致命。

• 免疫力强的人感染病原体后未必表现得好，反而比普通人更容易发生免疫系统胡乱攻击自体细胞的破事，今年大家见过许多例的病毒性肺炎、病毒性睾丸炎就是典型，后者可以造成不育。拿这个“推动”是要得达尔文奖的。
• 人类偶然演化出的能对抗特定病原体的性状往往带有严重的不利效果，会降低生活质量、减损体力乃至缩短寿命。
• 二十世纪末，人类发现澳大利亚昆士兰以北有一种逆转录病毒感染了当地考拉的全部个体，内源性逆转录病毒造成 60~70%的考拉死于癌症。其它地方的考拉种群感染率低得多。2012 年，研究显示^[10]这种内源性逆转录病毒至少存在了 200 多年，分子生物学显示该病毒可能有数千年历史。
• 二十世纪末，人类发现感染绵羊的传染性肺癌病毒，既能通过飞沫等传播又能母婴传播。带有内源性的该病毒的绵羊可以对飞沫传播的该病毒产生较好的免疫力，肺癌发病延后。

现在也还有几乎感染了全人类的病毒。

• 巨细胞病毒感染了各地人类的 60%～90%，其先天性感染（母婴传播，母亲带毒的场合婴儿感染率约 40%）约 20%可造成胎儿发育迟缓、脏器肿大、神经发育不全，一部分可造成流产、死胎、新生儿猝死、婴幼儿水肿，约 10%~15%在出生后出现其它障碍。对成人可以造成缓慢地随着时间加重的免疫力降低，与多种癌症有关。在器官移植后使用免疫抑制剂或放化疗、艾滋病等免疫缺损等状态下的人体内可大量增殖，破坏细胞与脏器而致死。
• JC 病毒感染了人类的约 70%，平时没有症状，在免疫抑制或免疫缺损状态下可能开始破坏整个脑白质，造成半盲、偏瘫、运动障碍、失语、失认、癫痫、性格改变。一旦发病，病程极快，造成不可恢复的损伤，几个月就能造成植物人状态，一般在一年内死亡。
• 单纯疱疹病毒感染了全人类的约 90%，无法彻底治愈，既有急性症状又会长期潜伏，反复发病，伴随终生，可引起各种痛苦的溃疡症状。
• EB 病毒感染了全人类的约 90%，一些地方成年人最终 100%感染。无法彻底治愈，既有急性症状又会长期潜伏，伴随终生，可引起多种癌症与自身免疫性疾病、神经损伤与感知异常。急性发病里也有些人会肾功能不全或脾脏破裂。

关于 BANCR：

斯坦福大学医学院的 Kitchener Wilson 博士与其心血管研究所所长吴庆明教授等科学家合作的一项研究^[11]发现，人类等大型灵长类动物心脏的增大是远古逆转录病毒打进人类基因组的 DNA 指导的长链非编码 RNA“BANCR”操纵的。
该 RNA 只在上述动物胎儿发育中的心肌细胞和某些癌细胞里活跃。利用诱导多能干细胞技术，研究人员发现 BANCR 有助于发育中的心肌细胞迁移，并影响心脏尺寸。
啮齿类不会产生 BANCR，在人工将其导入小鼠胚胎后，胚胎左心室异常增大。对大鼠心脏注入表达 BANCR 的病毒，也造成心脏增大。人类罕见的扩张型心肌病似乎也是 BANCR 表达水平超标引起的，患者心脏异常大且功能差、可能危及生命。
一系列证据表明，灵长类的远古祖先被病毒感染，导致一群灵长类有了更大的心脏、更强的血液供应能力，促进了体型的增大。

关于 Arc：

Pastuzyn et al. The neuronal gene Arc encodes a repurposed retrotransposon Gag protein that mediates intercellular RNA transfer. Cell. January 11, 2018. doi: 10.1016/j.cell.2017.12.024.
Ashley et al. Retrovirus-like Gag protein Arc1 binds RNA and traffics across synaptic boutons. Cell. January 11, 2018. doi: 10.1016/j.cell.2017.12.022.