一般人心目中的哥白尼和他的《天体运行》的故事是这样的：
1530 年代，哥白尼就完成了伟大的著作《天体运行》，一举以更加简洁的方式解决了若干重大的天文观测问题。但是他害怕他的理论招来教会的迫害，因此一直不敢出版。直到 1543 年濒死之际才下定决心把书付诸刊印。新书出版后，他只来得及摸了一下封面就与世长辞，因此也躲过了被烧死的命运。教会愤怒了，把这本书列为禁书，然而它却吸引了大量富有革命性的天文学家，最终日心说在和教会的奋战中得以确立。
但是事实中这个故事却是这样的：
早在 1510-1514 年间，哥白尼就已经完成了所谓的《短论》（Commentariolus），并在教会中一个小圈子里流传。现存最早的手稿在德国，出自 1514 年。[1]在这里面已经有了他的日心说的全部主要观点，但是还很不成熟。这篇手稿受到了 al-'Urdi（一个 13 世纪的反对托勒密体系的天文学家）很大影响。
在 1530 年代，天体运行的主体就差不多了，但是哥白尼一直在收集更多的天文观测，来完善他的模型。
在短论流传期间，哥白尼收到了很多朋友的鼓励，希望他能出版。1536 年，大主教 Nikolaus von Schönberg 看过手稿并听说哥白尼在继续他的著作的时候，写信给哥白尼，促请他出版他的书。信中这样说[2]：
怀着最真诚之心，我恳求您，我最博学的阁下，把您的最新发现与学者们进行交流，并尽早地把您的著作送给我一份……，如果你能满足我的渴望，您将发现您面对的是一个对您的声望和学识充满热忱的人，并对您的天才充满赞赏。
1539 年，数学家 Rheticus 读了哥白尼的手稿后，立即给他的老师写了一封公开信，并发表为 Narratio Prima。里面以科普的言语介绍了哥白尼的理论。
同年马丁路德发表言论激烈反对哥白尼的理论。
1541 年，在 Rheticus 的影响下，哥白尼把自己的理论的一部分发表了。发现为大家接受的程度尚可。
1543 年，哥白尼把全部书稿交给他的好朋友，Tiedemann Giese 主教，并由他转交给 Rheticus，最终刊印。Rheticus 因为要回到莱比锡接任教授一职，中间把书稿的刊印转交给教士 Andreas Osiander。为了避免可能的争议，Osiander 私自给书本添加了一个未署名的前言，称书中的理论只是一种计算方法，而不是真理。这并未获得年哥白尼的授权。这种行为后来受到很多诟病，例如天主教百科全书中说：
当时哥白尼已在弥留之际，并未看到他的篡改之语。……此人未署名替换掉了哥白尼的原版前言，用他的明显有悖于哥白尼初衷的版本。[3]
当年哥白尼去世。
天体运行的内容十分专业化，因此除了有限的天文学家之外，出版后关注度很低，第一版 400 本并未售完。因此并未引起很大的反响。
和后世的一些流行认知很不同的地方是，日心说在出版的初期，它的支持来自天主教（有大主教的参与，有教皇的背书），而它的反对来自新教（主要是马丁路德）。但是最大的反对却是天文和物理学家们。没错，这个科学革命的第一声冲锋号是天主教吹响的，却受到来自科学界的质疑。
科学家的质疑主要包括：
- 当时的天文观测并不能支持日心说（按照哥白尼体系，人们应该很明显地看到恒星位置的变化，而实际上当时的裸眼观测水平根本看不到任何变化，这个问题直到 200 多年以后才有了直接点观测证据）
- 来自物理的质疑，比如说地球自转的离心力、地球飞速公转所引发的巨大的风速等等，这些都是在半个世纪乃至一个多世纪之后伽利略和牛顿时代才被解决
但是哥白尼体系在天文学内部也引起了一些影响。有天文学家把日心说看作是托勒密体系的并立版本，并抛弃当时哥白尼认为的宇宙尺寸，而采用“大宇宙”的假说来解决观测不到恒星视差的问题。有的大学中也开始让学生们自由地在托勒密天文学和哥白尼天文学之间选择。
80 多年后，日心说受到了来自伽利略、第谷登观测结果的支持，开始被人接受。而由天文观测直接评判天文理论的地位，却把圣经完全抛开的行为引起了教会的警惕。同时由于马丁路德和腓力·墨兰顿，两个新教最有名的人物极力攻击，1616 年，《天体运行》被“下架”（暂停直至修改，“suspended until correction”）。[4]
和世人认知不同的是，天体运行并未被彻底禁止。四年后，也就是 1620 年，书中的九句话被修改，然后重新开放由天主教廷图书馆提供借阅服务。再过 100 年后，也就是 1758 年，教皇本笃十四世宣布未修改的原版也被开放。
讽刺的是，当初最激烈反对日心说的新教派却迅速放弃了这一立场，而当初对日心说态度温和的天主教派，却对反日心说的立场持续时间更长。
真实的故事中，我们看到：
- 日心说早在出版前几十年就在流传，并且其出版就是一帮教会内部人士推动的。这期间哥白尼并没有被烧死，反而因此获得了声望。教会内部也不是一帮看不懂论文的神棍。他们中间很多人对哥白尼的理论是赞同的。
- 日心说不是简单的所谓“太阳是宇宙中心”这种理论，而是高度数学化专业化的，哥白尼搜集了几十年的天文观测结果，计算了大量的行星运行表。
- 这个理论也不是一天建立起来的，从理论的出现到被人关注经历了半个多世纪，而且中间有地位很高的主教、大主教、数学家、天文学家的参与。这个“真相”也不是那么简单的，它的观测和确认需要很高的天文观测仪器，在中世纪完全没有可能完成。并且中世纪连印刷术都没有，信息交流慢得很，如果你单纯地“告诉”群众，你的话怕是一辈子连你的村子都传不出去，根本就不够格被烧死。
- 天体运行出版后“群众”们并不关心，400 本都没卖出去。并且出版后 70 多年，才受到来自教会的限制 - 仅仅是修改了九句话。
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