谢邀
要解释这个问题，
首先要知道蛋白质是什么？
人体中有二十种氨基酸。每一种蛋白质是由这些氨基酸通过肽键连接（一级结构，primary structure），并经过进一步的折叠（secondary structure 二级结构）而形成的生物大分子物质（tertiary structure 三级结构），有些蛋白还会通过彼此交联形成多聚体（quternary structure 四级结构）。只有具有合适的三级和四级结构的蛋白，才能称为有活性的蛋白。
这个解释可能稍微有些抽象，举个例子吧。比如：所谓的蛋白质就是，用积木搭好的造型炫酷的积木组合。氨基酸就是那一块块的。
人体是如何消化食物中的蛋白质的？
要消化蛋白质，需要：
- 胃酸
- 蛋白酶
胃酸主要是将蛋白质变性，也就是改变蛋白质的三维结构把有活性的蛋白变成无活性的。* 注意：不是改变性别的变性！
蛋白酶的作用，就是将变性的蛋白切成一个个小的片段。这些片段经由小肠中的蛋白酶和一些肠道共生菌分泌的蛋白酶共同作用，进一步分解成氨基酸。最后被人体吸收。需要指出的是，蛋白酶也不是随便切的，只能识别并切开比较特异的氨基酸序列。比如，胰岛素的 B 链有三十个氨基酸构成，而胃蛋白酶只能在 Phe1Val, Gln4His, Glu13Ala, Ala14Leu, Leu15Tyr, Tyr16Leu, Gly23Phe, Phe24 等八个位置把它切开。
以上两个条件缺一不可。
而所谓的消化，就是把这些堆好的各种形状和炫酷造型的积木拆开，嗯！
知道了以上背景，我接着解释毒蛋白吃下去为什么不会被分解成氨基酸。
如果蛋白不能被消化，那么肯定是其中的一个因素缺失了：
- 比如这个蛋白喜欢偏酸性的环境，胃酸并不能将它变性
- 比如这个蛋白上没有蛋白酶可以识别并切开的特殊位点
- 比如一次摄入大量的蛋白，没有充分消化，使得一小部分蛋白侥幸逃脱
以著名的“朊病毒”，也就是引起“疯牛病”的所谓“毒蛋白”为例。这个蛋白并不能被蛋白酶降解，因为它缺少可以特异被蛋白酶识别并切开的氨基酸位点。
如果条件合适，胃蛋白酶也会把自己降解的。一般存储胃蛋白酶的时候，要放在 -80 度冰箱，降低酶活性，防止自己把自己降解了。
以上。
还有个问题就是，毒蛋白为什么是毒蛋白。这个其实解释起来挺复杂的。以上文的“朊病毒”为例。其实，人体中是含有这种“朊病毒”蛋白的。但是，一般，不会出现各种病症，因为它是人体的正常组分之一。正常的蛋白和毒蛋白，也就是三级构象的差别。这个病变的蛋白能够引起脑组织的死亡，引发“疯牛病”和“疯人病？？（就是杀死你的大脑啦~~）”
然而， 这只是个极为特殊的例子。毒蛋白的毒理，具体机制其实科学家们并不知道。举个例子，对于对牛奶过敏的人来说，牛奶含有蛋白也是一种毒蛋白，这些人喝了牛奶简直像喝了毒药——要死要活的。为啥呢？因为对于这些人说，牛奶中含有的蛋白不能被完全消化吸收，并且是一种过敏原，引起人体免疫系统极为严重的免疫反应，如发热，组织水肿等炎症。科学家们也不知道为啥某些蛋白就是能是毒蛋白、过敏原，就不要问我了。
最后，我想补充一点，就是，其实，不仅是毒蛋白不能消化，平时我们吃的食物里面的蛋白有时候也不能消化，或者不能充分消化，分解成氨基酸。
因为，除了上述两个条件，还有一个比较关键的的也是极为重要的因素，那就是人体内的肠道微生物。这些微生物除了帮助食物消化以外，还在帮助消化的同时，自己吃一点。小肠中的菌群如果过多或者过快生长，就会改变肠胃中的酸碱值，影响消化。这时候，人体会感觉到，吃完饭会有胀气的感觉，肠胃灼热，较为严重的时候，就会导致便秘或者腹泻。这时候，就需要通过膳食偏酸性食物改变肠胃中的酸碱度，比如山楂。或者通过食用含有酵母以及乳酸杆菌的制剂改善肠道菌群结构。
那么我们在日常生活中怎么平衡肠胃中的酸碱度，以保证吃进去的食物和蛋白质都充分被消化吸收呢？
膳食平衡咯。一句话，多吃蔬菜水果少吃肉。
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