这是一段很有趣的历史。公元前 5 世纪的古希腊，毕达哥拉斯学派的阿尔克迈翁和被后世尊为“医学之父”的希波克拉底可能是最早对心脏中心观提出挑战的人。
尽管如此，人类仍然需要一个漫长的历史时期，经过古罗马、中世纪和文艺复兴，随着解剖研究的发展，直到大约 17 世纪才能慢慢广泛相信大脑的作用。历史上也并不存在某个“决定性时刻”。[1]
史前时代和较早时期
在史前时代和之后的大部分时间里，从中国到印度，从两河流域到埃及，从中美洲雄伟的玛雅帝国到格陵兰岛的因纽特人部落，广泛流传着心脏是思想源泉的说法。
在大英博物馆馆藏的古埃及“夏巴卡石碑”上，人们至今还能看到强调心脏在思考中的重要性的神话描述[2]。春秋时期管仲的《管子》中也认为心脏是身体所有功能（包括感官）的基础。
一种可能的原因是，心脏的跳动随着情绪的改变而改变是最容易被察觉到的，所以不同文化都自然地将心脏归结为思想、情绪的源头。
不过也有例外，澳大利亚大陆的原住民和托雷斯海峡的岛民一直关注他们自身与土地的联系，他们并不认为思想来自身体的某个器官。
古希腊时期
时间来到公元前 5 世纪，在今天意大利南部的克罗顿（当时是属于古希腊的一个小镇），毕达哥拉斯的一个学生阿尔克迈翁[3]对心脏中心说提出了异议。他对人的感官很感兴趣，所以把注意力集中在了拥有许多不同感官的头部。
阿尔克迈翁发现，人的许多感官，比如眼睛，都通过某种“细管”与脑相连，因此他认为“脑是掌管智力的设备”。今天的我们已经无法考证是怎样的情景激发了阿尔克迈翁的发现。有人认为他可能是在看动物头部烹煮过程中观察到的，也可能以手指摸索过动物的眼球等。
但阿尔克迈翁没有著作被保存下来，更明确的表述出现在阿尔克迈翁去世几十年后，来自另一个古希腊小岛上的医学学派——科斯派。被称为“医学之父”的希波克拉底就来自这里，科斯学派的许多著作都被认为是希波克拉底所著，但真实的作者已不得而知。[4]
至今，西方医生传统上行医前宣誓的誓词就被称为“希波克拉底誓词”。当然这是后话了。
在公元前 400 左右，科斯学派完成了一部著作《论神圣的疾病》。在其中，癫痫得到了在当时技术水平下的仔细研究，作者明确提出：
脑才是那个使我们能够思考，拥有视觉和听觉，区分美丑好坏，辨别愉快和不愉快的器官。
甚至基于当时粗陋的解剖学知识，书中已经指出“人脑由两个部分”。当然限于当时的知识，作者对于癫痫的归因是“黏液进入静脉堵住了空气进入脑所致”。
尽管如此，当时仍然缺乏明确的证据支持阿尔克迈翁和科斯学派的脑中心观。同一时期，亚里士多德则强力支持心脏中心观。因为他观察到心脏的活动随情绪而变化，而且他认为血液是感觉能力的必要条件，血液则源于心脏。
一方面是由于亚里士多德声望，另一方面，确实各地的人们都更容易觉察心脏的波动而非大脑，所以心脏中心观称为更符合人们日常经验的学说而具有巨大影响力。
关于脑的作用的更明确的实验证据要在 400 年之后的古罗马才会出现。
古罗马时期
古希腊时期，解剖学在今天埃及地区的亚历山大港一带得到了发展。而这些知识也被古罗马人学习。
著名的思想家盖伦就曾游历亚历山大港，他也是一名广受认可的医生。在辩论中他提倡演讲结合演示的方法。[5]
他曾经演示过这么一个实验，（限于当时的知识水平，下面的实验在今天看来可能有点令人不适）
盖伦切开了一只猪的皮肉，露出了猪颈动脉两侧的喉返神经。他演示到，如果用一根线把喉返神经扎紧，猪就会停止尖叫，解开绑线，猪又会恢复尖叫。很明显，猪的喉咙并没有受到直接限制，而是有什么从脑出发沿着神经移动到喉部的东西被这根线限制了。
盖伦还邀请心脏中心说的支持者参与演示。让他们挤压猪的心脏，发现即使心脏的跳动被限制，猪仍能发出沉闷的尖叫。而如果按压猪的大脑，猪就立刻停止尖叫并失去知觉。
对当时的观众来说，这样的演示非常震撼，就像是一场魔术。
根据这一明确的实验证据，盖伦提出有某种“精气”从脑部产生，并沿着神经流动到身体各处产生活动。此时人们对“精气”到底是什么的理解还有很长路要走。
但是，由于心脏中心观很符合人们的日常经验，这一传统观念很难一下子推翻。再加之此后西罗马帝国灭亡，欧洲进入中世纪，教会对解剖学等实验研究加大了限制，学术环境崩溃。
像盖伦时期这样的环境在此后几个世纪都将不再存在，直到文艺复兴的曙光来临……
中世纪和文艺复兴时期
西罗马帝国灭亡之后，罗马和希腊的大部分文化遗产都保存在东罗马帝国君士坦丁堡的图书馆里。缓慢地传播着。
一直要到 14 世纪，经院哲学放松了对解剖学等的束缚，在被誉为“大学之母”的博洛尼亚，解剖学等实验研究才慢慢得到恢复。[6]
1543 年，在哥白尼发表《天体运行论》的同一年，维萨里发表了《人体构造论》。更细致地解剖了人脑，但其中支持人脑是思想中心的证据也仍较为薄弱。
就这样，脑中心观慢慢在医学学者中流传着且得到了越来越多的解剖学支持。
需要指出的是，历史上并没有某一个决定性时刻或实验影响了全人类对脑中心观的想法。而是由许多学者的实践缓慢地支持这一想法的。
到 17 世纪，此时的学者们基本上都已经相信是“脑”产生了思想。这一时期比较有代表性的是英国医生实验生理学创始人哈维和著名法国思想家笛卡尔。哈维的实验证明了“心脏是一块肌肉”。而提出“我思故我在”的笛卡尔也开展了解剖研究，并认为动物就是动物机器，而脑在这种机器中发挥着根本作用，并认为松果体是人类独有的区别于其他动物的思想的关键（当然后来更多的解剖学证据发现几乎所有脊椎动物都有松果体）。[7]
大约就从这一时期开始，人们不再纠结于“脑中心”还是“心脏中心”，而更多地转向了对神经的具体研究，比如“精气”到底是什么、脑的不同区域分别对应什么功能等等问题。
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